Une évolution de R Markdown
5 février 2024
…est un nouveau système de publication scientifique et technique à code source ouvert (MIT).
Illustration de la présentation “Hello, Quarto” de Julia Lowndes et Mine Çetinkaya-Rundel, présentée lors de la conférence RStudio 2022. Illustré par Allison Horst.
Issue de Nature, “1,500 scientists lift the lid on reproducibility”
https://coko.foundation/articles/single-source-publishing.html
Pour R, Quarto utilise toujours Knitr sous le capot. Par conséquent, la grande majorité des fichiers Rmd existants peuvent être rendus avec Quarto sans modification.
La syntaxe standard des options de blocs a changé:
```{r}
#| echo: false
#| fig-cap: "Cars"
plot(cars)
```
Le moteur Jupyter prend en charge l’utilisation de Python, Julia, R et de tout autre langage doté d’un noyau Jupyter.
Jupyter supporte deux formats de fichiers d’entrée :
.ipynb).qmd)Hello Jupyter: https://quarto.org/#hello-quarto
Vous pouvez également transformer les notebooks Jupyter (fichiers .ipynb) directement. A noter: aucune exécution n’a lieu par défaut.
Aperçu côte à côte pour JupyterLab, VS Code, Emacs, etc :
$ quarto preview notebook.ipynb
```{r}
#| code-fold: true
library(ggplot2)
dat <- data.frame(cond = rep(c("A", "B"), each=10),
xvar = 1:20 + rnorm(20,sd=3),
yvar = 1:20 + rnorm(20,sd=3))
ggplot(dat, aes(x=xvar, y=yvar)) +
geom_point(shape=1) +
geom_smooth()
```Pour les figures, tableaux, équations, sections, théorèmes, et même des éléments personnalisés.
Avec la syntaxe markdown brute
Avec les options pour les cellules éxécutés avec Knitr or Jupyter
layout-ncol ou layout-nrow) est disponible pour les cas simples.::: {layout="[[40,-20,40], [100]]"}
:::
Fonctionne dans les différents formats: HTML, PDF, MS Word, et ePub
::: {.callout-note}
Note that there are five types of callouts, including:
`note`, `tip`, `warning`, `caution`, et `important`.
:::Quarto supporte nativement l’intégration des diagrammes Mermaid et Graphviz.
```{mermaid}
%%| output-location: column
flowchart TD
A[Hard edge] --> B(Round edge)
B --> C{Decision}
C --> D[Result one]
C --> E[Result two]
```
Un ajout important pour l’expérience utilisateur:
Comment utiliser Quarto ?
Ce n’est pas un package R comme R Markdown…